Los estudios de filosofía en la Nueva España iniciaron con la cátedra de Fray Alonso de la Veracruz en 1540. Tras la fundación de la Real y Pontificia Universidad de México se ofrecieron en su Facultad de Artes y en los Colegios Coloniales cursos de Lógica, Física y Metafísica, conforme a la enseñanza de Aristóteles y sus intérpretes. Resaltan en este periodo los trabajos de Francisco Javier Alegre y Francisco Xavier Clavijero y de Díaz de Gamarra.
La primera supresión de la Universidad no impidió que las materias filosóficas subsistieran en los Establecimientos de Estudios Ideológicos y Humanidades y de Estudios Preparatorios. Después del cierre definitivo de la Universidad, algunos de estos estudios subsistieron en el Colegio de San Ildefonso.
En 1910 abre sus puertas la Universidad Nacional, y con ella se inaugura la Escuela de Altos Estudios. Su propósito era el de formar a los profesores de las secundarias, preparatorias y de la Universidad, así como otorgar los grados de Maestro y Doctor. En esta institución los estudios de Filosofía se separaron de los Científicos, Históricos y Literarios.
Entre las figuras reconocidas del siglo XIX podemos mencionar a Pedro José Márquez, José María Luis Mora, Gabino Barreda y a su discípulo Porfirio Parra, primer director de la Escuela de Altos Estudios. Justo Sierra y José Vasconcelos impulsan el desarrollo de esta escuela y en particular de la enseñanza filosófica en sus aulas. Destaca en estos años Ezequiel A. Chávez, crítico del positivismo, director de la Escuela Nacional preparatoria y rector de la Universidad Nacional.
A principios del siglo XX se funda el Ateneo Mexicano de la Juventud. La recepción de las obras clásicas griegas y de filosofía alemana y francesa sirvieron para oponerse al modelo positivista de educación del Porfiriato. Este impulso del humanismo se lo debemos a pensadores como Alfonso Reyes, Antonio Caso y Pedro Henríquez Ureña.
En 1924 se profesionalizan los estudios de Filosofía con la Fundación de la Facultad de Filosofía y Letras. Sin embargo, en 1931 deja de ofrecerse la licenciatura y no volverá a impartirse sino hasta 1967. Esta pausa se debió a que la carrera no contaba con las asignaturas que aseguraran el ejercicio de la docencia a los egresados.
El perfil actual del Colegio de Filosofía se debe en gran medida al encuentro con los estudiantes y profesores españoles exiliados en México durante la primera mitad del siglo XX. Tradiciones filosóficas y de traducción como las de Revista de Occidente se encontraron con el Ateneo, y como resultado se fortalecieron las líneas de investigación en estética, fenomenología, ontología y marxismo. Estos años están marcados por el trabajo de Samuel Ramos, José Gaos, Eduardo Nicol, Carmen Rovira, Joaquín Xirau, Alfonso Sánchez Vázquez, Eugenio Ímaz y Wenceslao Roces.
En torno a las enseñanzas de José Gaos, surge a mediados del siglo XX, el grupo Hiperión, el cual se distingue por la fenomenología, el existencialismo y el historicismo. Entre sus miembros se encontraron Luis Villoro, Ricardo Guerra y Leooldo Zea.
Hacia 1940, Eduardo García Maynes y Eduardo Nicol fundaron el llamado Centro de Estudios Filosóficos (hoy Instituto de Investigaciones Filosóficas), con él se institucionaliza la investigación filosófica en México y se fortalece la filosofía analítica en el país.
Desde el Colegio de Filosofía se han desarrollo nuevas líneas de investigación en la UNAM. Pueden destacarse el Programa Universitario de Género (hoy CIEG), cuya primera directora fue la filósofa Graciela Hierro, y el impulso a la Bioética por Juliana González, que condujo a la fundación del Programa Universitario de Bioética (PUB). Finalmente, los estudios en multi- e interculturalidad tienen como antecedentes a Ambrosio Velasco y a León Olivé, los cuales permitieron la fundación del Colegio de Gestión y Desarrollo Interculturales.